Entre 1639 i 1651 va tenir lloc a les illes angleses una guerra que la història s'anomena la Guerra dels Tres Regnes. Es va tractar d'una sèrie de batalles i conflictes que van tenir lloc a Anglaterra, Irlanda i Escòcia poc després que els tres territoris quedessin sota el mateix monarca. Entre aquests conflictes el mes conegut és sense dubte la Guerra Civil anglesa i els conflictes es van centrar mes que res en tensions entre el rei i temes socials i religiosos. ¿Era el rei un representant de Déu a la terra o no? Podien ser controlades les seves accions amb un parlament? I en aquesta situació tant Irlanda com Escòcia es van rebel·lar als anglesos.
Finalment a Anglaterra triomfen les forces de el Parlament encapçalades per Oliver Cromwell. A Irlanda en 1641 es dóna l'anomenada revolució irlandesa i en 1649 comença la Conquesta de Cromwel d'Irlanda. És a dir, la conquesta del territori irlandès rebel per part de les forces parlamentàries angleses. En aquells dies, des de la rebel·lió irlandesa, Irlanda estava controlada per una Confederació Catòlica que tenia una aliança signada amb els realistes anglesos, els vençuts de la Guerra Civil anglesa, val recordar. Però bé, que finalment les forces de Cromwell van vèncer als irlandesos i van ocupar el país.
Es van sancionar llavors algunes lleis penals contra els catòlics que eren la gran majoria de país i es van confiscar enromes quantitats de terres que es van repartir en general a militars que havien participat de les conteses. Les forces de Cromwell a Irlanda van ser en veritat brutals i per això encara es ho odia bastant a aquest personatge. Segons alguns historiadors la matança va ser tal que la població total d'Irlanda va caure entre un 15 i un 25%, encara que alguns diuen que es va eliminar a la meitat de la població.